La Faculté Sciences et Ingénierie propose 27 mentions de masters :

Biodiversité, écologie et évolution
Bio-informatique
 
Ce master forme des étudiant(e)s sur des capacités multidisciplinaires, biologie, informatique et mathématiques, nécessaires pour œuvrer dans le domaine de la bioinformatique, de la biologie des systèmes et de la génomique environnementale. Cette mention de master propose 2 parcours :
 
Biologie moléculaire et cellulaire
Biologie-santé
 
Ce master forme des biologistes spécialistes ayant acquis une vision intégrative leur permettant d'établir des liens entre différentes disciplines et entre différents niveaux d'étude. Cette mention de master propose 11 parcours :
   
Biologie végétale
 
La mention permet aux étudiants d’être à même de comprendre et d’analyser les différents niveaux d’organisation de la plante, allant du gène à son écosystème, en interaction avec son environnement, qu’il soit biotique, abiotique ou modifié par l'homme. Cette mention de master propose 1 parcours :
 
Biotechnologies
 
Chimie
 
La formation offerte par le master chimie propose trois grandes orientations en chimie analytique, en conception, synthèse, organisation et mise en œuvre de molécules ou architectures moléculaires des fins applicatives et en chimie théorique. Cette mention de master propose 7 parcours :
 
Électronique, énergie électrique, automatique
 
La formation prépare les étudiants au contexte industriel actuel, et leur fournit les moyens de s'adapter facilement à son évolution future et d'en faire des éléments moteurs de cette évolution. Cette mention de master propose 6 parcours :
 
Énergie
Functional biology and ecology
 
Le master vise à former aux méthodes et aux concepts permettant d’étudier les interactions de l’échelle moléculaire à celle des populations et des écosystèmes. Cette mention de master propose 1 parcours :
 
Génie civil
 
L'objectif est de former des cadres capables de participer à la conception, la réalisation et de conduire des systèmes de production, dans le domaine du bâtiment et des travaux publics en intégrant les facteurs techniques, économiques et humains. Cette mention de master propose 3 parcours :
 
Génie des procédés et des bio-procédés
 
Le master Génie des Procédés et Bio-procédés (GdP-BioP) a pour objectif de donner aux étudiants une formation scientifique solide dans le domaine des procédés physico-chimiques. Cette mention de master propose 2 parcours :
 
Génie mécanique
 
L'objectif de la formation est de développer les compétences en adéquation avec les besoins des métiers du génie mécanique dans le secteur aéronautique en Calcul de structures, Conception et Productique. Cette mention de master propose 5 parcours :
 
Informatique
Ingénierie de la santé
 
Cette mention de master propose 3 parcours :
 
Management des systèmes d'information
 
Ce master forme des spécialistes du pilotage de l’organisation maîtrisant les systèmes d’information et dotés d’une culture forte en ingénierie et management de projet. Cette mention de master propose 4 parcours :
 
Mathématiques et applications
 
Les mathématiques jouent un rôle fondamental dans les sciences modernes et leurs applications. Les six parcours proposés mènent à divers métiers où les mathématiques sont essentiels, de la recherche à l'enseignement, à l'ingénierie et recherche appliquée. Cette mention de master propose 6 parcours :
 
Mécanique
 
La mention propose une formation scientifique pluridisciplinaire dans les domaines de la mécanique des fluides et des solides, de l’énergétique et des transferts thermiques. Elle couvre plusieurs domaines d’application (aéronautique, espace, transports...). Cette mention de master propose 3 parcours :
 
Méthodes informatiques appliquées à la gestion des entreprises (MIAGE)
 
Le master MIAGE a pour objectif de préparer les étudiants à la maîtrise des enjeux stratégiques pour les entreprises de leurs systèmes d’informations dans une approche « multi-compétences » équilibrée entre gestion, SI et STI. Cette mention de master propose 3 parcours :
 
Nanosciences et nanotechnologies
 
L'objectif est de donner une formation pluridisciplinaire en anglais, à l'interface Physique - Chimie - Sciences des Matériaux - Ingénierie, avec une forte composante Travaux Pratiques, dont des TP en salle blanche. Cette mention de master propose 1 parcours :
 
Neurosciences
Physique fondamentale et applications
 
La formation vise la poursuite d'études en doctorat, les métiers d’ingénieurs et les métiers de l’enseignement. Cette mention de master propose 4 parcours :
 
Réseaux et télécommunication
Sciences de la Terre, planètes et environnement

La formation vise à doter les étudiants de compétences théoriques et pratiques en Géosciences, dans le but d’accéder à un spectre large de métiers dans les domaines académique, industriel, bureaux d’études ou collectivités territoriales. Cette mention de master propose 2 parcours :
Sciences de l'océan, de l'atmosphère et du climat
 
La formation a pour vocation de former des spécialistes en météorologie, en océanographie et dans les sciences du climat et de l'environnement. Cette mention de master propose 3 parcours :
 
Sciences de l'univers et technologies spatiales (SUTS)
 
La formation est centrée sur les domaines de la Physique, de l'Astrophysique et de la Planétologie, avec une ouverture marquée vers les métiers de la recherche dans les organismes de recherche. Cette mention de master propose 2 parcours :
 
Sciences et génie des matériaux
 
L'objectif est de former des cadres de haut niveau maîtrisant différents aspects scientifiques et technologiques (élaboration, mise en œuvre, contrôle et suivi des matériaux) et capables de s'insérer dans le milieu industriel ou de poursuivre en Doctorat. Cette mention de master propose 3 parcours :